Diversidade, evolução e estrutura de plantas, algas e fungos Caracterizada pelo desenvolvimento de estudos teóricos-experimentais que contemplem a diversidade de plantas, algas e fungos e de suas estruturas sob uma perspectiva funcional-evolutiva. Envolve projetos de pesquisa que buscam nomear, descrever e classificar os organismos de interesse, analisar seus aspectos morfo-anatômicos e compreender aspectos evolutivos, genômicos e biogeográficos que contribuíram para sua origem e diversificação. Em escala ampla, utiliza abordagens integrativas que permitam identificar as relações filogenéticas e explorar a diversidade biológica dos grupos de interesse, culminando no estabelecimento de diretrizes para conservação da biodiversidade.
Interação planta, algas e fungo-ambiente Esta linha caracteriza-se pela elucidação dos mecanismos ecológicos, genéticos e moleculares atuantes na interface planta, algas e fungo-ambiente. Visa compreender como fatores bióticos e abióticos modulam o desenvolvimento plantas, algas e fungos e/ou como esses organismos são capazes de modificar o ambiente em que estão inseridos para prosperar. Fazem parte dessa linha de pesquisa projetos que contemplem as relações entre plantas, algas e fungos com outros organismos da fauna e microbiota, sejam mutualistas, patógenos, herbívoros, polinizadores e dispersores, bem como as respostas a fatores abióticos limitadores do desenvolvimento do organismo como disponibilidade hídrica, luminosa e nutricional e contaminantes ambientais oriundos de ação antrópica. Em escala ampla, difere-se por possuir enfoque em ciência aplicada com elevado potencial tecnológico para geração de produtos.